Ao Ministério Público de Contas do Estado do Ceará, instituição permanente, essencial à função jurisdicional de controle externo do Estado, tem como missão promover e fiscalizar o cumprimento e a guarda da Constituição e das Leis, no que se refere à fiscalização contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial do Estado do Ceará e de seus municípios, nos termos do art. 130 da Constituição Federal de 1988, bem como no art. 73 da Constituição do Estado do Ceará.
São princípios institucionais do Ministério Público de Contas a unidade, a indivisibilidade e a independência funcional, sendo aplicáveis aos seus membros os direitos, as vedações e a forma de investidura estabelecidas para os membros do Ministério Público do Estado.
A Lei nº 13.720/2005, que disciplinou o funcionamento do Ministério Público de Contas do Ceará, estabeleceu, como principal atribuição do órgão ministerial, a defesa da ordem jurídica perante o Tribunal de Contas do Estado, competindo:
I - promover a defesa da ordem jurídica, requerendo perante o Tribunal de Contas do Estado as medidas de interesse da Justiça, da Administração e do Erário, e promovendo as ações judiciais destinadas à proteção desses interesses, quando necessárias e pertinentes à sua atuação funcional;
II - manifestar-se em todos os processos da competência do Tribunal de Contas do Estado, sendo obrigatória a oportunidade de manifestação nos processos de prestação e tomadas de contas e nos concernentes a atos de admissão de pessoal, concessão de aposentadorias, pensões e reformas;
III - comparecer às Sessões do Tribunal de Contas do Estado e manifestar-se, verbalmente ou por escrito, em todos os processos sujeitos à decisão do Plenário ou das Câmaras;
IV - solicitar, de ofício, à Procuradoria-Geral do Estado a adoção de medidas judiciais para a indisponibilidade e o arresto de bens dos responsáveis julgados em débito, ou a adoção de outras medidas cautelares, e, por solicitação de Câmara ou do Plenário do Tribunal, a adoção preventiva desses procedimentos judiciais, quando houver justo receio de que o julgamento do Tribunal de Contas do Estado possa ser ineficaz pelo decurso do tempo;
V - acompanhar junto à Procuradoria-Geral do Estado as cobranças judiciais de imputações de débitos e multas decorrentes de decisões exaradas pelo Tribunal de Contas do Estado;
VI - interpor recursos permitidos em lei;
VII - representar, motivadamente, pela realização de inspeções, auditorias, tomadas de contas e demais providências em matéria de competência do Tribunal de Contas do Estado;
VIII - fiscalizar o atendimento do disposto no § 5.º do art. 69 da Lei Federal n.º 9.394/96 – Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional - LDB, que obriga o repasse mensal e imediato, em conta-corrente específica, de 25% (vinte e cinco por cento) da receita resultante de impostos, compreendidas as transferências constitucionais, na manutenção e desenvolvimento do ensino público, ao Órgão Municipal responsável pela educação.
Além disso, no exercício de suas atribuições, podem os membros do Ministério Público manifestar-se, verbalmente ou por escrito, em todos os processos da competência do Tribunal, sendo obrigatória a oportunidade de manifestação nos processos de representação, denúncia, prestação e tomada de contas, podendo, ainda, interpor recursos contra as decisões proferidas pelo TCE Ceará e, ainda, representar, motivadamente, pela realização de inspeções, auditorias, tomadas de contas e demais providências em matéria de competência do Tribunal de Contas do Estado.